정부은 2002. 1. 14. 우리나라를 동북아 비즈니스 중심국가로 육성한다는 기본구상을 발표한 후 공항․항만 등 물류시설의 확충을 통하여 경쟁력을 확보하고 외국인 친화적인 경영․생활 여건을 조성하여 기업 및 금융의 동북아 거점으로서 위상을 정립한다는 목표 아래 2003년 인천, 부산․진해, 광양만권 등 3개 경제자유구역을 지정한 것을 시작으로 2008년 황해, 새만금, 대구․경북 등 3개 경제자유구역을, 2013년 동해안권, 충북 등 2개 경제자유구역을 추가로 지정하여 2015년 7월 현재 8개의 경제자유구역을 지정․운영하고 있다.

감사원에서는 경제자유구역의 개발률과 외국인투자 유치 실적이 저조한 원인을 분석하고, 경제자유구역 지정효과를 높일 수 있는 개선책을 제시하고자 이번 감사를 기획하여 2015년 감사계획에 반영․실시하게 되었다고 밝혔다..

감사에서는 경제자유구역 지정 및 관리, 외국인투자 유치, 경제자유구역 개발사업 추진의 적정성을 점검하여 개선방안을 제시하는 데 중점을 두었다. 그리고 경제자유구역 개발사업 추진 분야에서는 사업계획 변경의 적정성, 사업 추진 절차의 적정성, 예산낭비 여부 등을 중점적으로 점검하였다.

인천경제자유구역청 등 7개 경제자유구역청과 새만금개발청, 경제자유구역에 관한 정책 및 제도를 총괄하고 있는 산업통상자원부, 그리고 국토교통부, 지방자치단체 등 관련 업무를 담당하는 기관을 대상으로 감사를 실시하였으며 언론보도 및 국회 논의사항 등 관련 자료를 수집․분석하였으며, 이후 예비조사(2015. 6. 8. ～ 6. 19.)를 거쳐 2015. 6. 24.부터 같은 해 7. 21.까지 20일간 감사인원 25명을 투입하여 실지감사를 실시하였다.

특히 동해안권경제자유구역과 충북경제자유구역 산업용지 규모의 적정성에 대해서는 각각 강원발전연구원과 충북발전연구원에 분석을 의뢰하여 점검하였다.

이와 같은 방법과 더불어 경제자유구역 개발사업이 진행 중인 현장을 직접 방문조사하고 관련자를 면담하는 방식으로 감사를 실시하였으며 감사원은 감사결과 위법․부당하거나 제도개선이 필요한 사항과 관련하여 2015. 7. 20. 산업통상자원부 경제자유구역기획단장 등이 참석한 가운데 감사마감회의를 실시하고, 업무처리 경위 및 향후 처리대책 등 주요 지적사항에 대한 의견을 교환하였다. 이후 감사원에서는 감사마감회의에서 제시된 의견 등을 포함하여 지적사항에 대한 내부 검토를 거쳐 2015. 11. 27. 감사위원회의의 의결로 감사결과를 최종 확정하였다.